Die Geschichte von Samus wird nach den Ereignissen von Metroid Fusion fortgesetzt. Auf dem Planeten ZDR geht sie einer mysteriösen Botschaft auf die Spur, die an die Galaktische Föderation übermittelt wurde. Dieser Planet ist allerdings auch voller außerirdischer Lebensformen der bösartigen Sorte und birgt zu allem Überfluss eine mechanische Gefahr. Samus ist agiler und geschickter denn je, aber kann sie es mit dem Grauen aus den Tiefen von ZDR aufnehmen? Stellt euch den unerbittlichen E.M.M.I. Einst nur für die Entnahme von DNS entwickelt, wurden aus den Forschungsrobotern E.M.M.I. mächtige Maschinen, die Samus jagen. Dies führt zu bedrohlichen, hochspannenden Situationen, in denen Samus ihnen ausweichen muss, um einem grausamen Ende zu entgehen und um einen Weg zu finden, sie doch noch ausschalten zu können. Findet heraus, was diese Roboter zu einer solchen Plage gemacht hat und entkommt ZDR mit dem Leben. Spürt Samus' Stärke durch das Erlangen neuer Fähigkeiten Erhaltet neue und bekannte Fähigkeiten, während ihr die vielen Gebiete dieser gefährlichen Welt erkundet. Überwindet Hindernisse, rutscht oder rollt durch enge Gänge, kontert gegnerische Angriffe und kämpft euch euren Weg durch den Planeten. Wenn ihr in schon bekannte Gebiete zurückkehrt, setzt dort neu erhaltene Fähigkeiten ein, um Upgrades, neue Wege und auch den nächsten Schritt auf eurem Abenteuer zu finden. Erkundet die ausgedehnte Karte, weicht den E.M.M.I. aus – oder vernichtet sie – und überwindet das Grauen von ZDR.